Saab 9-3 var den andra modellen med de nya namnen som hade ett bindestreck i mitten. Saab 9-5 var först, som lanserades hösten 1997. Saab 9-3 kom strax efter, våren 1998. Namnet uttalas "nio-tre".

I grunden baserade sig de första Saab 9-3 på föregångaren 900 (andra generationen, 1994–1998).

Under maj 2002 tillverkades de sista Saab 9-3 halvkombi, 3- och 5-dörrars, för att efter semestern ersättas med andra generationen. 9-3 Convertible byggdes däremot ett år till som årsmodell 2003.

Andra generationen Saab 9-3 var ett radikalt skifte och innebar också att modellen till fullo integrerades i GM-koncernens teknik. Saab 9-3 byggde nu på Epsilon-plattformen, samma som exempelvis Opel Vectra C och Signum. Men det hindrade ju inte Saabs ingenjörer från att ändå göra en hel del tekniska förbättringar.

Med andra generationen Saab 9-3 försvann halvkombimodellerna. Saab 9-3 var nu en "SportSedan" med siktet inställt mot BMW 3-serie och Audi A4. Med årsmodell 2006 kompletterades utbudet med Saab 9-3 SportCombi.

Saab 9-3 SportCombi hade en betydligt bättre lastvolym än SportSedan men framför allt en baklucka som gjorde det mycket enklare att lasta skrymmande föremål. Eller placera en hundbur.

Lastutrymmet i SportCombi var helt plant, med ett litet utrymme under golvet. 9-3 SportCombi hade ofta automatisk nivåreglering bak.

Saabs extremt starka motorblock i gjutjärn ersattes av GM-block i aluminium. Men Saab konstruerade egna topplock och turboinstallationer, liksom det nya motorstyrsystemet Trionic 8.

En mycket påtaglig och viktig uppgradering var en helt ny, individuell multilänk-bakaxel som även användes i SportCombi. Komforten förbättrades och bilen var lika körglad som förut, men utan den våldsamma understyrningen som föregångaren var ökänd för med sin stela bakaxel.

Ytterligare ett stort steg i den tekniska utvecklingen för 9-3 kom 2008 när Saab lanserade fyrhjulsdrift i ett samarbete med svenska transmissionsföretaget Haldex.

Under många år hade Haldex levererat fyrhjulsdrift till VW-koncernens modeller men nu fick Saab lägga vantarna på helt nya "Haldex 4". Driften på bakaxeln kunde kopplas in innan bilen ens började rulla och kraftfördelningen skedde blixtsnabbt med hjälp av eLSD, en elektroniskt styrd differentialbroms.

Saab 9-3 med XWD-system fanns till ett flertal bensinmotorer, dock inte diesel. De fyrhjulsdrivna modellerna hyllades för sin fina väghållning och grepp, inte minst på vintervägar.

2009 kom den förhöjda Saab 9-3X, baserad på SportCombi. Saab hade därmed skapat en modell med liknande attribut som exempelvis Volvo XC70 och Audi A6/A4 Allroad. Men därmed försvann också SportCombi XWD ur sortimentet.

Saab 9-3X hade plastsköldar, "hasplåtar" i plast, skyddande plast runt hjulhusen (mycket bra mot stenskott) och en 35 millimeter förhöjd markfrigång, jämfört med 9-3 SportCombi. Fjädringen var även något mjukare, vilket många uppskattade.

Saab kunde däremot inte erbjuda fyrhjulsdrift till de som beställde en Saab 9-3X med dieselmotor. För att hantera det stora vridmomentet behövdes ett motsvarande stort svänghjul, vilket inte fick plats. Tekniskt hade det gått att lösa, men Saab kunde inte avsätta tillräckligt med utvecklingspengar för att hitta en lösning som betalade sig under de år som fanns kvar innan nästa generationsbyte. De som valde diesel fick därför nöja sig med en 9-3X som bara hade framhjulsdrift.

Produktionen av bilar i Trollhättan stoppades i april 2011 då ett flertal partnerföretag vägrade leverera komponenter till fabriken om de inte fick betalt i förskott.

Under några få dagar i maj och juni återupptogs produktionen men det byggdes bara ett fåtal bilar. Konkursansökan lämnades in till Vänersborgs tingsrätt 19 december 2011 och rätten satte då Saab Automobile i konkurs. Tidigare rekonstruktionsförsök hade misslyckats.