Saab 9-3 var den andra modellen med de nya namnen som hade ett bindestreck i mitten. Saab 9-5 var först, som lanserades hösten 1997. Saab 9-3 kom strax efter, våren 1998. Namnet uttalas "nio-tre".

I grunden baserade sig de första Saab 9-3 på föregångaren 900 (andra generationen, 1994–1998).

Under maj 2002 tillverkades de sista Saab 9-3 halvkombi, 3- och 5-dörrars, för att efter semestern ersättas med andra generationen. 9-3 Convertible byggdes däremot ett år till som årsmodell 2003.

Andra generationen Saab 9-3 var ett radikalt skifte och innebar också att modellen till fullo integrerades i GM-koncernens teknik. Saab 9-3 byggde nu på Epsilon-plattformen, samma som exempelvis Opel Vectra C och Signum. Men det hindrade ju inte Saabs ingenjörer från att ändå göra en hel del tekniska förbättringar.

Med andra generationen Saab 9-3 försvann halvkombimodellerna. Saab 9-3 var nu en "SportSedan" med siktet inställt mot BMW 3-serie och Audi A4. Med årsmodell 2006 kompletterades utbudet med Saab 9-3 SportCombi.

Saabs extremt starka motorblock i gjutjärn ersattes av GM-block i aluminium. Men Saab konstruerade egna topplock och turboinstallationer, liksom det nya motorstyrsystemet Trionic 8.

En mycket påtaglig och viktig uppgradering var en helt ny, individuell multilänk-bakaxel. Komforten förbättrades och bilen var lika körglad som förut, men utan den våldsamma understyrningen som föregångaren var ökänd för med sin stela bakaxel.

Ytterligare ett stort steg i den tekniska utvecklingen för 9-3 kom 2008 när Saab lanserade fyrhjulsdrift i ett samarbete med svenska transmissionsföretaget Haldex.

Under många år hade Haldex levererat fyrhjulsdrift till VW-koncernens modeller men nu fick Saab lägga vantarna på helt nya "Haldex 4". Driften på bakaxeln kunde kopplas in innan bilen ens började rulla och kraftfördelningen skedde blixtsnabbt med hjälp av eLSD, en elektroniskt styrd differentialbroms.

Saab 9-3 med XWD-system fanns till ett flertal bensinmotorer, dock inte diesel. De fyrhjulsdrivna modellerna hyllades för sin fina väghållning och grepp, inte minst på vintervägar.

För att markera 30-årsminnet av klassiska Saab 99 Turbo så skapade man flaggskeppet Saab 9-3 Turbo X med V6-motor. Turbo X byggdes bara under modellåret 2008 i drygt 2.000 exemplar, varav flertalet gick på export. Bilen såldes bara i "Jet Black metallic" med titangrå finish på det som annars var krom.

Produktionen av bilar i Trollhättan stoppades i april 2011 då ett flertal partnerföretag vägrade leverera komponenter till fabriken om de inte fick betalt i förskott.

Under några få dagar i maj och juni återupptogs produktionen men det byggdes bara ett fåtal bilar. Konkursansökan lämnades in till Vänersborgs tingsrätt 19 december 2011 och rätten satte då Saab Automobile i konkurs. Tidigare rekonstruktionsförsök hade misslyckats.