Saab 9-3 var den andra modellen med de nya namnen som hade ett bindestreck i mitten. Saab 9-5 var först, som lanserades hösten 1997. Saab 9-3 kom strax efter, våren 1998. Namnet uttalas "nio-tre".
I grunden baserade sig de första Saab 9-3 på föregångaren 900 (andra generationen, 1994–1998). Men Saabs ingenjörer hade gjort ett rejält omtag och hävdade själva att man utfört 1.100 förbättringar på 9-3:an. Det var nog mest mindre detaljer, men chassit hade uppgraderats vilket gjorde 9-3 stabilare på vägen. Kopplingen var hydraulisk, med ett mjukare ingrepp än 900:ans vajerkoppling.
Saabs ingenjörer förbättrade även säkerheten hos 9-3 på en mängd punkter. Bättre nackstöd, förstärkta A- och B-stolpar, starkare balkar för sidokollision, standard krockkuddar, med mera.
Första generationen Saab 9-3 såldes i tre versioner: 3- och 5-dörrars halvkombi samt 2-dörrars Convertible. 5-dörrars var den absoluta storsäljaren och mest praktisk men 9-3 Convertible utvecklades till en fortsatt succé och nästan 120.000 exemplar tillverkades.
En av de sportigaste och mest omtalade versionerna var Saab 9-3 Viggen med den kraftfulla B235R-motorn med 230 hk och 342 Nm. 9-3 Viggen byggdes i alla tre karosserna hos Valmet Automotive i Finland. Endast 4.600 Viggen tillverkades under 1999–2003, 3-dörrars halvkombi är mest ovanlig med 764 exemplar.
Under maj 2002 tillverkades de sista Saab 9-3 halvkombi, 3- och 5-dörrars, för att efter semestern ersättas med andra generationen. 9-3 Convertible byggdes däremot ett år till som årsmodell 2003.
Andra generationen Saab 9-3 var ett radikalt skifte och innebar också att modellen till fullo integrerades i GM-koncernens teknik. Saab 9-3 byggde nu på Epsilon-plattformen, samma som exempelvis Opel Vectra C och Signum, Buick Regel och Chevrolet Malibu. Men det hindrade ju inte Saabs ingenjörer från att ändå göra en hel del tekniska förbättringar.
Med andra generationen Saab 9-3 försvann halvkombimodellerna. Saab 9-3 var nu en "SportSedan" med siktet inställt mot BMW 3-serie och Audi A4.
Nya 9-3 Convertible kom på hösten 2003 och först med årsmodell 2006 så kompletterades utbudet med Saab 9-3 SportCombi.
Cabriolet-modellen hade ju funnits med ända sedan 900-tiden men från årsmodell 2004 lanserades andra generationen Saab 9-3 Cabriolet. Det var en helt ny bil, till skillnad mot föregångaren (1998–2003) som till stora delar lyftes över från Saab 900.
Andra generationen Saab 9-3 Cabriolet fick bland annat ett aktivt rullskydd med fjäderbelastade störtbågar som sköts upp om bilens sensorer kände av något onormalt. Även A-stolparna förstärktes och säkerhetsbältena var integrerade i stolarna, inte i karossen.
Karossen på andra generationen Saab 9-3 Cabriolet var kraftigt förstärkt med en hjälpram som tredubblade vridstyvheten, jämfört med föregångaren. Tillsammans med den förbättrade bakaxeln gav det en helt ny upplevelse för de som ville köra taklöst.
Tygsuffletten sänktes och höjdes upp med hydraulik, helt utan manuella handgrepp. Processen tog bara 20 sekunder och kunde ske i hastigheter upp till 30 km/h.
Till årsmodell 2008 genomfördes ett omfattande facelift av Saab 9-3 Cabriolet. Fronten var ny och inspirerad av konceptbilen Aero X, även bakpartiet var delvis nytt med frostade bakljus, samt nya dörrar.
Toppmodellen 9-3 Aero Convertible fick 2,8-liters V6-motor som kunde matcha prestanda hos de tyska premiumkonkurrenterna.
Merparten av andra generationen Saab 9-3 Cabriolet byggdes hos Magna Steyr i Österrike. Under 2010 flyttades verktygen till fabriken i Trollhättan och där byggdes de sista bilarna, inklusive "Independence Edition".
Produktionen av bilar i Trollhättan stoppades i april 2011 då ett flertal partnerföretag vägrade leverera komponenter till fabriken om de inte fick betalt i förskott.
Det normala inom bilindustrin är att man får betalt i efterskott men Saabs ekonomiska bekymmer gjorde att man lämnade fakturorna obetalda långt efter utsatt datum. Under några få dagar i maj och juni återupptogs produktionen men det byggdes bara ett fåtal bilar.
Konkursansökan lämnades in till Vänersborgs tingsrätt 19 december 2011 och rätten satte då Saab Automobile i konkurs. Tidigare rekonstruktionsförsök hade misslyckats.
