Saab 9-3 var den andra modellen med de nya namnen som hade ett bindestreck i mitten. Saab 9-5 var först, som lanserades hösten 1997. Saab 9-3 kom strax efter, våren 1998. Namnet uttalas "nio-tre".

Första generationen Saab 9-3 såldes i tre versioner: 3- och 5-dörrars halvkombi samt 2-dörrars Convertible. 5-dörrars var den absoluta storsäljaren och mest praktisk men 9-3 Convertible utvecklades till en fortsatt succé och nästan 120.000 exemplar tillverkades.

I grunden baserade sig de första Saab 9-3 på föregångaren 900 (andra generationen, 1994–1998). Men Saabs ingenjörer hade gjort ett rejält omtag och hävdade själva att man utfört 1.100 förbättringar på 9-3:an. Det var nog mest mindre detaljer, men chassit hade uppgraderats vilket gjorde 9-3 stabilare på vägen. Kopplingen var hydraulisk, med ett mjukare ingrepp än 900:ans vajerkoppling.

Saabs ingenjörer förbättrade även säkerheten hos 9-3 på en mängd punkter. Bättre nackstöd, förstärkta A- och B-stolpar, starkare balkar för sidokollision, standard krockkuddar, med mera.

En annan viktig nyhet hos 9-3 var nya motoralternativet 2,2-liters TiD-diesel (från Opel). Varför Saab inte tidigt utvecklade en egen dieselmotor är en gåta då motorteknikerna delade samma fikarum med Scania i motorlabbet i Södertälje. Världens erkänt skickligaste dieselingenjörer på en halv meters avstånd – varför inte be Scania om hjälp att konstruera en riktigt vass personbilsdiesel?

En av de sportigaste och mest omtalade versionerna var Saab 9-3 Viggen med den kraftfulla B235R-motorn med 230 hk och 342 Nm. 9-3 Viggen byggdes i alla tre karosserna hos Valmet Automotive i Finland. Endast 4.600 Viggen tillverkades under 1999–2003, 3-dörrars halvkombi är mest ovanlig med 764 exemplar.

Under maj 2002 tillverkades de sista Saab 9-3 halvkombi, 3- och 5-dörrars, för att efter semestern ersättas med andra generationen. 9-3 Convertible byggdes däremot ett år till som årsmodell 2003.

Andra generationen Saab 9-3 var ett radikalt skifte och innebar också att modellen till fullo integrerades i GM-koncernens teknik.

Med andra generationen Saab 9-3 försvann halvkombimodellerna. Saab 9-3 var nu en "SportSedan" med siktet inställt mot BMW 3-serie och Audi A4.

Produktionen av bilar i Trollhättan stoppades i april 2011 då ett flertal partnerföretag vägrade leverera komponenter till fabriken om de inte fick betalt i förskott. Det normala inom bilindustrin är att man får betalt i efterskott men Saabs ekonomiska bekymmer gjorde att man lämnade fakturorna obetalda långt efter utsatt datum. Under några få dagar i maj och juni återupptogs produktionen men det byggdes bara ett fåtal bilar.

Konkursansökan lämnades in till Vänersborgs tingsrätt 19 december 2011 och rätten satte då Saab Automobile i konkurs. Tidigare rekonstruktionsförsök hade misslyckats.